2003年的一个冬日，叠翠山佛学院学僧慧昱去了芙蓉山。他来这里一是寻找师父休宁，二是躲避孟悔。孟悔是休宁的二女儿，三年前因一次偶然的亲密接触爱上了慧昱，从此对他纠缠不休。慧昱听师父的大女儿孟忏说，孟悔打算春节前到叠翠山找他，所以他就到芙蓉山来了。慧昱和师父原在明洲通元寺住，但禅门高僧法泽老和尚圆寂之后，该寺被半路出家的明心把持，整天驱使僧人搞经忏活动赚钱，师徒俩便愤然离开，慧昱考上了叠翠山佛学院，休宁则住进芙蓉山的狮子洞，做了一名苦行僧。
师徒在芙蓉山相见十分高兴，但没过几天便出现龃龉，因为师父只想通过苦修“自了”，而慧昱却主张走大乘之路，普渡众生，建设人间佛教。在山上，慧昱认识了家住山下的秦老诌，这老人整天上山游玩，肚子里装有无数芙蓉山的历史文化掌故，让慧昱很感兴趣。
孟忏来看望父亲，父亲却不欢迎。休宁为自己在文革中被迫还俗娶妻并且生下两个女儿一直感到羞耻。孟忏带来消息：妹妹去叠翠山没找到慧昱，便在那里的石钵庵出家了，休宁说这是胡闹。和孟忏一同上山的怡春市旅游局长云舒曼说，准备找客商投资重建芙蓉山飞云寺，建成后请休宁住持，慧昱协助。但春节后明洲老板郗化章来考察芙蓉山，提出条件，寺院建起后让他的儿子觉通担任住持，云舒曼和芙蓉县长程平安只好答应。那个觉通是慧昱的同窗，修习极差，整天上网勾引女孩。而觉通说，等他当住持，让慧昱跟着他干。慧昱愤懑不已，回佛学院之后决定也去“堕落”。他去石钵庵找孟悔，但没能见面，接着又去山下网吧玩游戏，和不良青年打了起来，被佛学院去人领回。叠翠山全山方丈兼佛学院院长明若大和尚问，本来品学兼优的慧昱为何犯戒，慧昱如实以告，并虔诚忏悔。大和尚为他解除心结，写了一个条幅给他，暗示他毕业后去芙蓉山。
觉通的父亲开始开发芙蓉山，休宁决定去朝拜五台山，以此作为修行方式。他三步一叩，风餐露宿，几个月之后“非典”爆发，他被阻在半途，只好在一座山上过起了岩栖溪饮的生活。“非典”盛行期间，慧昱在佛学院刻苦修习，收获甚丰。疫情解除之后，他跟随明若大和尚去韩国汉城一家寺院进行法务交流，对汉传佛教的现代化、人间化有了新的思考。毕业时，他为维护佛教声誉，在芙蓉山一带弘法利生，决定随觉通去飞云寺，并动员了另三位学僧同行。
这期间，住石钵庵的孟悔找过慧昱，慧昱却已制服了性海识浪，无动于衷。住石钵庵准备出家的华云向孟悔讲了她对爱情的认识，让她看破并放下，孟悔先是听从劝说，决定发心出家，但后来还是退却了。就在她准备回家时，觉通以明洲老乡的身份为她送行，并许征卵。在丈夫方建勋的建议下，选定了石家庄一个女大学生为供卵者，随后采用互不见面的方式，让女大学生到上海医院取卵，此后让方建勋供精，培养成试管婴儿，植于孟忏腹内。成功后回家，孟忏发现妹妹还俗回来，十分生气。后又得知，父亲在朝拜五台山的路上被车压断了腿，孟忏让丈夫把他接回，在家中供养。
五名学僧毕业后齐聚芙蓉山。觉通任住持，慧昱任监院，一凡任维那，慈辉任知客，达戒任僧值，另外还有他们带来的僧人和准备出家的年轻人。8月18日，飞云寺建成仪式、佛像开光仪式和住持升座仪式一同进行，觉通却因一个响雷忘记了要说的“法语”，当众出丑。
云舒曼因为从政十分顺利，丈夫疑神疑鬼，让她苦恼。她十分敬慕分管旅游工作、并对她给予扶持的副市长乔昀，这天她主动约乔昀去香炉山幽会，乔昀本来高高兴兴上了她的车子，中途却又悔悟，说在仕途上也要像个真正的和尚，严格守戒，这让云舒曼十分伤心，从此练上瑜珈，心境渐渐平静。
孟悔来到芙蓉山，并与觉通鬼混，慧昱心中极其痛苦。郗化章也对儿子不满，但又管不了他，只好向慧昱大倒苦水，拜托他打理好寺务。慧昱把痛苦深藏心中，认真履行职责。他还与怡春市居士群体和怡春禅社的一帮禅学爱好者建立了密切联系。
一个叫雨灵的老和尚从台湾回来，自称是飞云寺现任住持，并有胸脯上
赵德发：（双手合十）[1/2页]